Existen muchos métodos de extracción comúnmente utilizados en la medicina china. Para la extracción de medicina china con diferentes componentes químicos se debe elegir el método adecuado. Los métodos de extracción comunes incluyen: extracción con agua, extracción con solventes orgánicos, extracción con solventes orgánicos ácidos o alcalinos, destilación al vapor, hidrólisis enzimática o inhibición de la hidrólisis enzimática, tratamiento químico, extracción por sublimación, extracción supercrítica, extracción ultrasónica, extracción asistida por microondas.
La mayoría de las extracciones de medicina china utilizan procesos de extracción como la extracción con agitación o la extracción dinámica con circulación por bomba, porque la agitación y la extracción con solvente fluido pueden mejorar el efecto de extracción y la velocidad de extracción. Debido al aumento en la diferencia de concentración y a que la presión en el extremo interior del capilar de material medicinal es mayor que la presión en el extremo exterior, el extracto dentro del material medicinal fluye continuamente a través del capilar hacia el disolvente.